Uma questão que tenho observado em muitas threads sobre esse tipo de operação, é o problema enfrentado com a base LDAP, que é um arquivo sparse (https://en.wikipedia.org/wiki/Sparse_file).

O comando “cp” consegue tratar os arquivos sparse de maneira eficiente, assim como o rsync, com a opção “–sparse”.

Segue portanto o procedimento que tenho utilizado quando preciso copiar todo o diretório do Zimbra para outra partição ou servidor:

Utilizando o CP e RSYNC (exemplo copiando /opt/zimbra para /opt/zimbra2 para depois renomear o ponto de montagem)

zmcontrol stop
ps aux (validar se todos os processos pararam)
cd /opt

rsync --progress --delete --archive --verbose --hard-links --exclude=data/ldap/mdb/db/data.mdb --exclude=backup zimbra/ zimbra2/

cd /opt/zimbra2/data/ldap/mdb/db
cp -a /opt/zimbra/data/ldap/mdb/db/data.mdb .

Após mudar o ponto de montagem:

zmcontrol start

Utilizando apenas o RSYNC (mesmo exemplo de diretórios)

zmcontrol stop
ps aux (validar se todos os processos pararam)
cd /opt

rsync --progress --delete --archive --verbose --hard-links --sparse --exclude=backup zimbra/ zimbra2/

Após mudar o ponto de montagem:

zmcontrol start